El primer zar ruso que no pertenecía a la familia Rurik, Boris Godunov, murió a la edad de 53 años el 13 de abril de 1605. Su muerte está envuelta en secretos, y hasta el día de hoy los historiadores discuten sobre si su muerte fue natural o violenta.
Los documentos de la crónica indican que el día de su muerte, Godunov parecía sano, cenó con gran apetito y subió a la torre desde la que le encantaba contemplar Moscú. Luego bajó de ella, sintiéndose enfermo. El médico convocó al zar no pudo hacer nada, el zar sangraba por los oídos y la nariz, pronto Godunov se fue.
Como escribió uno de los representantes del embajador inglés Thomas Smith, que se encontraba en ese momento en la corte del autócrata ruso, el zar sintió, además de náuseas y dolor en el estómago, y murió antes de que llegara el médico.
La repentina muerte de Boris Godunov, los dolores de estómago dan motivos para sospechar que el zar fue envenenado. Su muerte fue beneficiosa, en primer lugar, para los seguidores del Falso Dmitry I, cuyas tropas se acercaban a Moscú en ese momento.
También corrió el rumor entre la gente de que el propio zar fue envenenado en un ataque de desesperación causado por su impopularidad entre la gente, el hambre en el país y su ocupación por los polacos.
Conociendo el temperamento de Boris, su carácter, el deseo de poder supremo, para lo cual estaba dispuesto a todo (se le acusó de envenenar a Iván el Terrible, del asesinato de Tsarevich Dmitry, hijo de Iván IV), y que logró, convirtiéndose en el de gobernante de facto de Rusia bajo Fedor Ivanovich, se puede dudar de la versión del suicidio de Godunov. El pueblo ruso, su opinión del zar, era, muy probablemente, indiferente al autócrata. El avance de los polacos en todo el país tampoco pudo asustar al zar, porque hubo momentos aún peores en la historia de Rusia, recordemos, por ejemplo, la invasión de los tártaros mongoles a Rusia.
No debe olvidarse que Godunov ha estado enfermo a menudo últimamente, y su muerte podría ser el resultado de una larga enfermedad del autócrata.