La tercera película, Men in Black, es una secuela de la famosa comedia estadounidense. Protagonizada por todos los mismos Tommy Lee Jones y Will Smith. El director fue nuevamente asumido por Barry Sonnenfeld, productor ejecutivo detrás de Steven Spielberg. La película se estrenó en los cines el 23 de mayo de 2012.
El papel del héroe negativo esta vez lo toma Jemaine Clement, que interpreta a Boris. Este es el criminal que escapó de la Prisión Lunar. Arde de odio por el agente Kay, quien en julio de 1969 atrapó al culpable y lo dejó sin un brazo. Cuando Kay se entera de repente de que Boris huyó, lamenta mucho que durante su arresto no lo haya matado. Después de eso, el agente simplemente desaparece, y solo su socio Jay recuerda que existió. El resto de la plantilla de negro piensa que Kay murió en un enfrentamiento con algún criminal en 1969.
La única explicación para tal inversión de la realidad es un cambio en el pasado. Jay y el agente O deciden que Boris está involucrado. Esto es confirmado por otro evento de escala cósmica: la invasión de la Tierra por la raza Boris. En la primera realidad, esto era imposible, ya que Kay instaló un dispositivo de protección en el planeta llamado "ArkNet". Ahora, en relación con la muerte del agente, hace varias décadas, la Tierra no tenía ninguna barrera contra los enemigos espaciales.
Jay descubre que Boris fue enviado al pasado por Jeffrey Price, un comerciante de productos electrónicos que tenía un cambiador de tiempo ilegal en su arsenal. El agente no tiene más remedio que viajar en el tiempo para salvar a su compañero. Y es inmediatamente arrestado por el joven Kay. Durante el interrogatorio, Jay le cuenta todo y el futuro socio cree. Juntos encuentran al Arkanian Griffin, que tiene ArkNet. Ahora los tres continúan su viaje y parten para instalar protección en la luna. Pero en un cohete son detenidos por el coronel. Ahora se convierte en el guardián secreto de Jay.
A partir de este momento, los eventos se desarrollan rápidamente. Los héroes se encuentran con dos Boris y se produce una pelea. Un criminal del futuro es arrojado al eje del cohete, y el joven Boris es enviado tras él. Se ha establecido la protección de la Tierra. Y ahora, al parecer, la misión de Jay está completa, pero aparece un joven criminal que sobrevive milagrosamente. El coronel muere, pero Boris también es destruido. Y ahora aparece un nuevo personaje en la película. Un niño sale del auto del coronel y comienza a buscar a su padre. El agente se reconoce a sí mismo. Jay vuelve a su tiempo y se encuentra con Kay en el café. Todo volvió.
